MBR膜在使用过程中无可避免会受到污染。MBR膜污染是指污水中的悬浮颗粒和胶体沉积在膜表面，造成膜孔堵塞的现象。一旦MBR膜与进料液接触，污染就开始了。由于溶质与膜的相互作用，吸附开始改变膜的特性。对于微滤膜，这种作用不是很明显，主要是溶质颗粒的聚集和堵塞。对于超滤而言，如果膜材料选择不当，将产生相当大的影响，与初始纯水通量相比可降低20%～40%。特别是在流速低、溶质浓度高的情况下，当溶质在膜表面达到或超过饱和溶解度时，形成凝胶层，导致膜的透射率不依赖于压力，导致膜的渗透性急剧下降。因此，在这种情况下使用的膜在使用后必须清洗以恢复其性能。

　　控制MBR膜污染的措施包括：

　　1、对MBR膜生物反应器系统进水进行预处理，去除粗颗粒。

　　2、选择合适的工作压力。

　　3、缩短出水泵的抽吸时间或延长停吸时间，增加曝气量，有利于减缓膜污染。

　　MBR膜的空气净化可去除表面杂质，孔内杂质可用水反洗排出。水反洗是将过滤后的水从反洗池泵入泵管。根据膜的不同类型，一般每10分钟至24小时反洗一次。当水反冲洗没有效果时，为了保持MBR膜的良好性能，必须采用化学清洗的方法去除污染物。

　　MBR膜清洗根据污染物的具体情况不同，所用的清洗剂也不同。化学清洗时，应按以下原则选择化学药剂：一是与膜及其它组分材料不发生化学反应。二是没有因使用化学品造成的二次污染。